Jeanne Bouvier de la Motte naquit à Montargis (au 16 de la rue du Four-Dieu) en 1648. Son père, Claude Bouvier, seigneur de la Motte-Vergennes, était maître des requêtes. Jeanne fut placée successivement, pour son éducation, dans deux couvents de Montargis et revint dans sa famille à l'âge de seize ans.
Bientôt elle résolut de se faire religieuse de la Visitation ; mais ses parents, quoique fort pieux, s'opposèrent si énergiquement à ce projet qu'elle dut y renoncer et se résigner à sacrifier sa vocation aux nécessités du rang que sa famille occupait par ses biens et sa naissance. Comme elle était belle, spirituelle et riche, les partis se présentèrent en foule. M. Jacques Guyon, qui devait toute sa fortune à l'entreprise du canal de Briare, faite par son père, fut préféré et il l'épousa le 16 janvier 1664.
Veuve à vingt-huit ans, Mme Guyon resta quatre ans avec sa mère et vint à Paris. Là, sous diverses influences, elle se crut appelée à une mission divine. Elle confia à ses parents le soin de l'éducation de ses enfants, abandonna leur garde-noble, qui valait 40000 livres, renonça à ses propres biens, et, ne se réservant qu'une modique pension, partit seule avec sa fille et se rendit à Annecy.
Elle composa alors trois ouvrages mystiques : Le moyen court et très facile pour l'Oraison (1684), le Cantique des Cantiques interprété et les Torrents. Molinos venait d’être condamné à Rome, pour avoir fait du mysticisme une doctrine modifiée sous le nom de quiétisme. M. de Harlay, archevêque de Paris, crut trouver quelque conformité entre les erreurs de Molinos et les idées propagées par Mme Guyon, et lorsque, après six années de vagabondage, celle-ci revint à Paris, iljugea confina sa pénitente dans le couvent des Filles de la Visitation, faubourg Saint-Antoine.
Cette mesure sévère fut une des causes qui préparèrent les succès de Mme Guyon. Par l'étrangeté de ses manières, son éloquence facile et entraînante, elle séduisait tous ceux qui l'approchaient. Elle exerça une véritable fascination sur la duchesse de Béthune, les duchesses de Beauvilliers, de Chevreuse et de Mortemart, qui en parlèrent à Mme de Maintenon : Mme Guyon fut mise en liberté et Mme de Miramion lui accorda un asile dans sa communauté, malgré l'archevêque de Paris.
Elle n'y resta pas longtemps; aimant à instruire et à dogmatiser, elle se rendit à Saint-Cyr, où l'on avait une grande prédilection pour ses ouvrages et ses entretiens. Ce fut là qu'elle fit connaissance de Fénelon. Saint-Simon parle ainsi de leur entrevue : “Leur esprit se plut l'un à l'autre, leur sublime s'amalgama; je ne sais s'ils s'entendirent bien clairement dans ce système et cette langue nouvelle qu'on vit éclore d'eux dans la suite, mais ils se le persuadèrent et la liaison se forma entre eux.” Bientôt il se forma dans Saint-Cyr une petite secte à part, dont les maximes et le langage de spiritualité parurent étranges à l'évêque de Chartres, Godet des Marais, directeur de Mme de Maintenon.
Le Père Bourdaloue, consulté, ne fut pas favorable à cette doctrine “qui supprimait tous les actes particuliers et pratiques de la religion, en se bornant à un simple acte de contemplation ou d'oraison passive.” Les théologiens, les casuistes s'assemblèrent pour examiner la question, et il s'ensuivit que Mme Guyon fut chassée de Saint-Cyr et fut obligée de se cacher dans une petite maison du faubourg Saint-Antoine.
Sous le nom de "conférences d'Issy", une commission fut réunie en 1694 pour porter jugement sur cette affaire. Bossuet se montra sévère, estimant “qu'il y allait de toute la religion”. La doctrine de Mme Guyon, jugée repréhensible, subit une censure en trente articles. Fénelon céda aux pressions et se mit du côté des accusateurs.
Pendant les débats, Mme Guyon avait été placée chez les Filles de Sainte-Marie de Meaux, sous la surveillance directe de Bossuet, avec la promesse de ne plus se mêler de propagande mystique. Pourtant elle s'échappa. On l’arrêta, on la conduisit à Vincennes, où elle composa un gros volume de poésies religieuses, et de là elle fut transférée à la Bastille.
Lorsque Fénelon apprit cette détention, il protesta et déclara “qu'il avait promis de condamner les erreurs de Mme Guyon, mais non sa personne; qu'il témoignait publiquement son estime pour cette dame, et que, sur ce point, il ne fléchirait jamais.” M. de Noailles, nouvel archevêque de Paris, obtint que Mme Guyon sorte de la Bastille et la fit placer dans une maison de Vaugirard, sous la direction du curé de Saint-Sulpice.
L'Explication des maximes des saint sur la vie intérieure venait de paraître, lançant la fameuse querelle du quiétisme. Le roi, fatigué de cette affaire, considéra Mme Guyon comme une extravagante corrompue, Fénelon comme un fanatique protecteur du vice et Mme de Maintenon comme complice d'un mal qu'elle avait eu la faiblesse de tolérer. Mme Guyon fut remise à la Bastille; et Louis XIV, désireux d'en finir avec ces querelles religieuses, écrivit à Rome pour hâter la condamnation du livre de Fénelon.
Mme Guyon resta plus d'un an à la Bastille, et, quand elle en sortit, elle fut exilée à Diziers, près Blois, chez son fils, Armand-Jacques. Elle y vécut quinze ans dans une retraite pieuse et mourut, en 1717, à l'âge de soixante-neuf ans. Son corps fut inhumé dans l'église des Cordeliers de Blois.
Mme Guyon semble avoir eu pour Dieu un amour qui s'exprimait par les formules de l'amour profane :
