L'érudition de l'auteur de la seconde partie est immense. Sa philosophie est simple: il faut suivre la nature. Au nom de ce principe, il condamne aussi bien l'ascétisme monarchique que l'amour courtois; il met en doute le bien-fondé de la hiérarchie sociale et du pouvoir royal; il se détourne de l'aristocratie pour se tourner vers le petit peuple.
Jean de Meun reprit à son prédécesseur le motif de la quête et le grand ballet des allégories. Mais à l'écriture très ornée de Guillaume, il substitue un style où domine le débat d'idées sur le modèle des pratiques universitaires et inscrit dans la trame narrative des digressions qui forment finalement l'essentiel de l'œuvre.
Condamnant le discours précieux et les conduites contraintes de la fin'amor, Jean de Meun tend au rêveur et aux lecteurs un "miroir aux amoureux".
Le roman devient une suite de "dits", prononcés par des allégories qui toutes questionnent la nature de l'amour. Raison propose au rêveur l'amour de la raison. Ami laisse parler, pour mieux le contredire, un affreux mari jaloux et misogyne. La Rose, ou plutôt l'une de ses émanations, Bel Accueil, fait l'objet d'un enseignement au féminin, délivré par la Vieille, qui est une vigoureuse leçon de cynisme. Faux Semblant démasque les agissements coupables des ordres mendiants. Les plus longs discours émanent de Nature qui se plaint à son chapelain Génius de l'inconduite des hommes : alors que tout dans l'univers accomplit ce pour quoi il a été créé, l'homme seul refuse de participer à la perpétuation des espèces que Nature s'épuise à forger. D'où l'appel final de Génius à l'amant et aux troupes d'Amour : il faut utiliser les outils que Dieu vous a donnés pour que la vie l'emporte sur la mort, pour qu'on puisse un jour être accueilli dans le Pré infiniment ouvert où le Bon Pasteur garde ses brebis et boire à l'inépuisable Fontaine de vie. De même que Pygmalion, figure de l'artiste et de l'écrivain, a su avec l'aide de Vénus donner vie à sa statue, de même le rêveur finit par atteindre le but de son pèlerinage : déflorer et engrosser la rose.
Long "contredit" apporté au discours courtois de Guillaume, le texte de Jean de Meun est aussi le lieu où s'affrontent, sans jamais aboutir à la "définitive sentence", les "contraires choses". Au lecteur de choisir son camp, à moins qu'il ne se laisse entraîner dans ce texte qui propose une somme des connaissances scientifiques du temps (sur la cosmographie, la propriété des miroirs, l'éminente valeur de l'alchimie, par exemple), qui réfléchit sur l'arbitraire du signe et le mot "propre", sur l'origine de l'inégalité et du pouvoir, sur celle des arts et de la culture, sur la valeur comparée du noble et du clerc. Et lorsque le discours de la raison est inefficace, il recourt aux mythes pour expliquer le monde (Vénus, puissance du désir, naît de la castration de Saturne, le temps dévorant), quitte à produire, en "contredit" au mythe antique de l'Âge d'or, le mythe très chrétien du retour au paradis perdu de l'harmonie naturelle dans l'amour de Dieu.
L'influence des deux parties du Roman de la Rose a été considérable, comme l'attestent les 300 manuscrits et plus qui en sont conservés, certains splendidement enluminés, et les nombreux remaniements, adaptations, traductions (celle de Chaucer notamment) et éditions imprimées qu'il a connus.