La Gaudinière est une maison à deux profondeurs : au nord, la construction est du XIXe siècle, alors que la partie sud peut remonter au XVIe siècle.
En 1934, Berson, alors âgé de 75 ans, choisit de passer ses étés à la Gaudinière, à Saint-Cyr-sur-Loire. Il a loué puis acheté en 1937 cet endroit qui l’a séduit. Il est soigné pour ses crises de rhumatismes, par le professeur Émile Aron.
Bergson alterne ses passages à Paris, en Suisse à Saint-Cergue, sur les bords du lac Léman avec ses séjours en Touraine.
Il peut affirmer une dernière fois ses convictions à la fin de sa vie, en renonçant à tous ses titres et honneurs, plutôt que d’accepter l’exemption des lois antisémites imposées par le gouvernement de Vichy. Bien que désirant se convertir au catholicisme, il y renonçe par solidarité avec les autres juifs. Il s’exprime ainsi dans son son Testament du 8 février 1937: "Mes réflexions m’ont amené de plus en plus près du catholicisme où je vois l’achèvement complet du judaïsme. Je me serais converti si je n’avais vu se préparer depuis des années [...] la formidable vague d’antisémitisme qui va déferler sur le monde. J’ai voulu rester parmi ceux qui seront demain des persécutés. Mais j’espère qu’un prêtre catholique voudra bien, si le Cardinal archevêque l’y autorise, venir dire des prières à mes obsèques. [...]"
Pour ses quatre-vingt ans, le 18 octobre 1939, il refuse toute commémoration officielle mais accepte une délégation. Il improvise un discours, soutenant les prises de position française, "proclamant sa foi dans la victoire des nations alliées et surtout le triomphe de l’esprit et de la morale humaine".
En juin 1940, il doit fuir mais il reviendra dès que possible en Touraine, c’est-à-dire en octobre 1940, pour ensuite regagner Paris, 47 rue du boulevard Beauséjour et se fait inscrire sur les listes des Juifs de zone occupée établies sur ordre allemand.
Malade, privé de combustibles par les restrictions, il meurt le 4 janvier 1941, à 81 ans. Suite à sa demande, un prêtre catholique officie à son enterrement. Henri Bergson repose au cimetière de Garches, dans les Hauts-de-Seine.
