Au coeur de la Brenne, jadis marécage hostile, près de Saint-Michel-en-Brenne, sont les restes de l'abbaye de Saint-Cyran, surnommée au XVIIe siècle le "Port-Royal de la Touraine".
C'est Dagobert qui, au milieu du VIIe siècle, avair demandé à Sigiran (devenu "Saint-Cyran") de fonder un monastère bénédictin sur les rives de la Claise, sur son domaine royal de Longoret. C'est là que le premier Saint-Cyran est mort, en 655.
En 987, l'abbaye a été attaquée par des seigneurs poitevins, qui furent chassés par Hugues Capet.
L'abbaye de Saint-Cyran-en-Brenne acquit peu à peu de nombreux biens sur la paroisse de Saint-Michel et la paroisse de Lingé. Au XVIIe siècle, elle comptait seize métairies et dix borderies, plus des prés, des étangs, des vignes et des bois. Sept prieurés en dépendaient.
En 1620, elle eut comme abbé Jean Duverdier de Hauranne, avec qui la doctrine janséniste pénétra à l'abbaye de Saint-Cyran.
Né à Bayonne en 1581 d'une famille de gros négociants gascons et basques, Jean Duvergier de Hauranne fit ses études chez les jésuites d'Agen, puis dans les Universités de Paris et de Louvain. De brillantes études en théologie révélèrent son intérêt pour les Pères de l'Église. Ayant lié connaissance avec Jansen (Jansénius), étudiant à Louvain, il l'invita à venir travailler avec lui l'Écriture et les Pères, à Paris et dans sa maison de Camp-de-Prats (près de Bayonne), entre 1609 et 1616. Il se trouvait alors sous la protection de Bertrand d'Eschaux, évêque de Bayonne, qui le fit chanoine de sa cathédrale (et Jansen principal d'un collège récemment fondé).
Duvergier de Hauranne pensait que Dieu l'avait choisi, avec Jansen, pour réformer l'Église «qui se trouvait dans la dégradation la plus profonde et n'était plus la véritable épouse du Christ».
En raison, sans doute, de la translation de l'évêque de Bayonne à Tours, les deux amis quittèrent Bayonne en 1617, Jansen revenant à Louvain et Duvergier allant à Poitiers, où l'évêque de la Rocheposay, disciple de Scaliger et humaniste passionné, le reçut comme un ami, lui donna un canonicat et le prieuré de Bonneville, puis, en 1620, résigna en sa faveur l'abbaye de Saint-Cyran-en-Brenne.
Le nouveau prélat commendataire résida peu dans son abbaye. En 1622, il revint définitivement à Paris, la métropole lui offrant de meilleures possibilités pour la poursuite de ses desseins. Dès 1623 il entretint des relations avec l'abbaye de Port-Royal.
La connaissance de Bérulle (dont il fut secrétaire de 1620 à 1629) le lança dans le «parti dévot», contre Richelieu. Mais il découvrit alors les grandes lignes religieuses et augustiniennes de la spiritualité bérullienne. Il resta, à la mort de Bérulle, le champion du bérullisme mystique: sous le pseudonyme de Petrus Aurelius, en 1632, il défendit contre les religieux la dignité de l'état séculier.
Oracle des cercles dévots parisiens, il fut appelé, en 1634, à prêcher aux religieuses de Port-Royal, ce qui lui permit d'exercer une profonde influence sur le couvent, surtout par l'intermédiaire de la grande réformatrice de Port-Royal, mère Geneviève Le Tardif.
En 1638, Richelieu, alors tout-puissant, réussit à le faire emprisonner à Vincennes, lors d'une grande opération qu'il mena contre les dévots hostiles à sa politique européenne (les religieuses de Port-Royal, les «Messieurs», l'Oratoire, leurs amis à la Cour…). Saint-Cyran fut maintenu à Vincennes, sans procès ni condamnation, pendant cinq ans. La mort de Richelieu lui redonna la liberté (1643), mais il mourut quelques mois après.
Il n'est pas exact de voir dans Saint-Cyran le «père du jansénisme français» : les éléments de doctrine spirituelle qui le caractérisent doivent peu de chose à l'Augustinus de Jansénius. Saint-Cyran n'était pas un théologien : il fut avant tout un spirituel, préoccupé de la perfection du chrétien. Nourri par la pensée des Pères et la grande synthèse de Bérulle, il a appliqué leurs principes à la direction spirituelle : il fut avant tout un directeur (son rayonnement depuis sa prison le montre bien). Il guidait les âmes vers une vie de continuelle oraison (thème salésien), où nul ne sait s'il est prédestiné au salut. La nécessité du « renouvellement » avant l'absolution et la communion eucharistique a entraîné les excès dits "jansénistes" des absolutions retardées et des rares communions. Mais ces excès n'appararurent pas à Port-Royal sous sa direction.
En 1638, inquiet de ce qui se passait à l'abbaye de Saint-Cyran, l'archevêque de Bourges voulut y faire une inspection; mais les religieux refusèrent de lui ouvrir les portes. Le châtiment ne tarda pas: on chassa les moines par la force, on démolit l'église et une partie du couvent.
A la mort de Duvergier, en 1643, c'est son neveu Martin de Barcos qui lui succéda comme abbé du monastère, grâce à l'appui d'Anne d'Autriche. Il était pourtant janséniste comme son oncle et avait été précepteur des enfants d'Arnaud d'Andilly. Il fit reconstruire le monastère à ses frais et réorganisa l'abbaye selon la règle de saint Benoît. Il l'enrichit en en faisant une exploitation agricole modèle. Mais, ayant refus de signer le Formulaire de 1665 envoyé par le pape Alexandre VII, dom Martin de Barcos dut s'enfuir. Il ne put regagner son abbaye qu'en 1669 et il y mourut en 1678.
Parmi les moines de Saint-Cyran se trouvait à cette époque dom Lancelot, l'auteur du Jardin des racines grecques. Il avait été chargé des classes de Port-Royal après la mort de Monsieur de Saint-Cyran. En 1656, il s'était retiré sur les bords de la Claise, où il vécut saintement, n'ayant jamais voulu être plus que simple sous-diacre.
Après la mort de dom Martin, les moines de Saint-Cyran restèrent fidèles au jansénisme. Par précaution, ils avaient même fortifié leur abbaye avec quatre tours et un pont-levis et ils refusaient d'admettre des gens de l'extérieur aux offices. C'est que les derniers "Messieurs" de Port-Royal s'étaient réfugiés chez eux avec leurs meubles.
Quand, en 1678, on voulut leur imposer comme abbé un prêtre du diocèse de Rouen, Thomas de Mouchy, ils se barricadèrent, et il fallut que le lieutenant-général de Loches intervienne par la force. Mais les religieux s'arrangèrent alors pour isoler leur abbé dans les bâtiments: seuls le pressoir et les remises étaient parties communes. Et, pendant plusieurs années, les conflits se multiplièrent: l'abbé chassa ceux des religieux qui lui étaient de plus hostiles; les religieux, eux, firent disparaître les titres et les papiers de l'abbaye, ce qui suscita de longs procès qui ne cessèrent qu'en 1694.
Au début du XVIIIe siècle, les désordres continuèrent, au point qu'on ne trouva comme solution, en 1712, que de supprimer purement et simplement la communauté de Saint-Cyran.
Dans les années qui suivirent, on récupéra ce qu'on put des livres et des objets. Les matériaux des bâtiments furent vendus à l'encan. Seule fut sauvée, au sud de l'abbaye, l'Hôtellerie ou "Chambre des Hôtes", un élégant logis Renaissance.
En 1790, tout ce qui restait, ainsi que des étangs et des métairies, fut vendu comme bien national.
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